Né en 1970 à Léninakan (aujourd'hui Gumri) en Arménie, Armen Saakyan est admis dès l'âge de 11 ans à l'École des Beaux-Arts de sa ville. Il la quitte quatre ans plus tard afin de poursuivre ses études d'art à l'École des Beaux-Arts de Riazan, en Russie, dont il sort diplômé en 1990.